Jean Michel Cousteau a effectué sa première plongée dès l’âge de 7 ans. Tout en étudiant l’architecture, il été pendant 20 ans vice-président de la société de son père tout en sillonnant les mers avec sa famille. Puis, il a commencé à produire des films environnementaux.
En 1999, Jean Michel a fondé l’Ocean Futures Society, une organisation dédiée à la protection des lieux marins et à l’éducation, qui réalise des programmes éducatifs, mène des recherches et établit une politique éthique de conservation de l’environnement.
Jean Michel Cousteau a réalisé un documentaire relatant le déversement de pétrole dans le Golfe du Mexique en 2010 et durant lequel 11 travailleurs trouvèrent la mort à la suite de l’explosion du Deepwater Horizon, une plateforme pétrolière située à une soixantaine de kilomètres des côtes de Louisiane.